Do mało znanych obiektów podziemnych zaliczają się krypty wrocławskich kościołów. Podziemny Wrocław tworzyły nie tylko forty, bunkry i schrony, należące do pierścienia obronnego miasta, ale i podziemia świątyń, które pełniły funkcje nie tylko miejsc pochówku zmarłych. W czasie oblężenia Festung Breslau piwnice i krypty kościołów dawały schronienia mieszkańcom, bo schronów było za mało, żeby wszystkich pomieścić. Niektóre przebijano i specjalnie wzmacniano, tworząc tunele. Dzięki nim można było się poruszać po bombardowanym mieście. Ze wspomnień niemieckiego księdza Waltera Lassmanna, który przeżył oblężenie ("Moje przeżycia w Festung Breslau. Z zapisków kapłana" Wrocław 2013):
"W piwnicznych schronach Wrocławia szukało ratunku około 100 000 mężczyzn, ludzi podeszłego wieku, kobiet i dzieci. Ludzie ci usiłowali w tych ciemnych i wilgotnych piwnicach stworzyć sobie w miarę bezpieczne i praktyczne warunki życia. Niebawem jednak musieli porzucić te przymusowe kwatery z powodu zbliżającego się frontu i innych grożących niebezpieczeństw. Podczas miesięcy oblężenia często musieli przemieszczać się na duże odległości".
"W piwnicznych schronach Wrocławia szukało ratunku około 100 000 mężczyzn, ludzi podeszłego wieku, kobiet i dzieci. Ludzie ci usiłowali w tych ciemnych i wilgotnych piwnicach stworzyć sobie w miarę bezpieczne i praktyczne warunki życia. Niebawem jednak musieli porzucić te przymusowe kwatery z powodu zbliżającego się frontu i innych grożących niebezpieczeństw. Podczas miesięcy oblężenia często musieli przemieszczać się na duże odległości".
Najbardziej rozbudowane podziemia znajdują się pod kościołem św. Wojciecha przy pl. Dominikańskim. To prawdziwy labirynt korytarzy i krypt, mieszczących groby wielu dominikanów i dobrodziejów zakonu. Wejście do podziemi znajduje się po prawej stronie od ołtarza głównego, koło ołtarza Chrystusa Frasobliwego. Największym pomieszczeniem jest dwuczęściowa krypta dawnej kaplicy Loretańskiej, zaadaptowana w 2001 roku na kaplicę akademicką. Według niepotwierdzonej informacji, podziemia dominikańskie mają prowadzić aż do hotelu Sajgon przy ul. Wita Stwosza, co wyklucza wrocławski archeolog dr Cezary Buśko, który twierdzi, że podziemne korytarze nie przekraczają ciągu ulic Piaskowej i św. Katarzyny.
Ostatni pogrzeb w podziemiach odbył się w 2000 roku. Złożono tu szczątki ludzkie wykopane w czasie prac archeologicznych na placu Dominikańskim. Zmarli chowani byli pierwotnie na cmentarzu przykościelnym, który istniał do 1777 roku. Z kolei dominikanie są grzebani w zbiorowym grobowcu na cmentarzu św. Wawrzyńca przy ul. Bujwida. Podziemia kościoła Dominikańskiego można obejrzeć TU.
Wielkie krypty ma także wrocławska katedra z Ostrowia Tumskiego, bazylika św. Elżbiety przy ul. św. Mikołaja i kościół św. Marii Magdaleny przy ul. Szewskiej. Mieszczą się tam mauzolea wrocławskich mieszczan, najbogatszych i najbardziej wpływowych mieszkańców dawnego Wrocławia.
W katedrze greckokatolickej świętych Wincentego i Jakuba przy pl. Nankiera można zwiedzić kryptę z czasów romańskich, gdzie niegdyś pochowano księcia Henryka II Pobożnego. Po pewnym czasie jego szczątki przeniesiono w małej trumnie do sarkofagu znajdującego się przed ołtarzem głównym. W 1944 szczątki zaginęły po zabraniu ich przez niemieckich naukowców, którzy chcieli zbadać pochodzenie aryjskie księcia. Tuż przed oblężeniem miasta konserwatorzy ukryli grobowiec we wsi Wierzbina pod Świdnicą. Dzięki temu przetrwał on wojenną zawieruchę i obecnie znajduje się w Muzeum Narodowym.
Romańska krypta w czasie prac restauracyjnych
We Wrocławiu znajduje się niezwykłe miejsce, gdzie pochowano ostatnich książąt piastowskich. To Mauzoleum Piastów Śląskich, mieszczące się w kościele św. Klary i św. Jadwigi przy pl. Nankiera, w szkole Sióstr Urszulanek. W mauzoleum znajdują się grobowce i płyty nagrobne książąt wrocławskich i opolskich, a także kilkunastu książęcych córek (w większości opatek klasztoru) oraz serce ostatniej księżnej z rodu Piastów - Karoliny, zmarłej w 1707 r. W podziemiach klasztoru Urszulanek chowano siostry w niszach w ścianie. Urszulanki grzebano tam od 1811 r., od kiedy przejęły klasztor. Ostatnią z sióstr pochowano w 1924 r.
W centralnym miejscu umieszczono nagrobek tumbowy ostatniego księcia piastowskiego Wrocławia – Henryka VI Dobrego
Do podziemi można wejść z dawnej kaplicy klasztornej. Krypta składa się z kilkunastu sklepionych krzyżowo pomieszczeń. W murach znajdują się nisze grobowe zamknięte kamiennymi, pobielonymi płytami, z tabliczkami informującymi, kim był zmarły. Pod ścianami stoją kamienne ossuaria, do których zsypywano kości zakonników wyciągnięte po kilkudziesięciu latach z nisz grobowych, które musiały przyjąć nowych lokatorów. Oprócz braci bonifratrów spoczywają tu także dobroczyńcy kościoła.
Nisze grobowe
W ossuarium znajdują się szczątki zakonników wyjęte z nisz grobowych
Sarkofag jednego z fundatorów, Johanna Wilhelma von Würtz und Burg
Wnętrze krypty- kaplicy